Rafael concluiu sua terceira temporada como goleiro titular do São Paulo em meio a um dos anos mais desafiadores que o clube enfrentou nos últimos tempos. Em um cenário marcado por desempenhos irregulares, eliminações em competições e uma série interminável de lesões, o time também teve de lidar com dificuldades financeiras significativas.
Apesar do ambiente turbulento, Rafael conseguiu se destacar e foi um dos jogadores mais consistentes do elenco tricolor, terminando 2025 como o atleta que mais atuou no time. Ele esteve em campo em 59 das 66 partidas disputadas pelo São Paulo, acumulando impressionantes 5.224 minutos. O único jogador que chegou perto dele em número de partidas foi Luciano, que jogou 56 vezes.
A carga de trabalho de Rafael foi intensa, especialmente considerando que o sistema defensivo do tricolor apresentou falhas ao longo do ano, expondo a equipe a várias investidas adversárias. Como resultado, Rafael sofreu 57 gols, o que resulta em uma média de 0,97 gols por jogo. Entretanto, suas atuações foram cruciais para evitar prejuízos maiores e garantir que o time se mantivesse competitivo.
A principal exibição de Rafael em 2025 ocorreu no jogo de volta das oitavas de final da Copa Libertadores, contra o Atlético Nacional. No segundo tempo, ele fez uma defesa notável que impediu o gol de empate dos colombianos. Embora o time adversário tenha empatado posteriormente, a decisão foi para os pênaltis, onde Rafael mostrou novamente sua importância ao defender a primeira cobrança. O São Paulo venceu por 4 a 3 e avançou, com Rafael sendo celebrado pela torcida no Morumbi como um dos heróis da classificação.
Por outro lado, a temporada também teve seus momentos polêmicos, como a expulsão de Rafael no jogo de volta das oitavas de final da Copa do Brasil contra o Athletico-PR. Logo nos primeiros minutos, ele foi expulso ao cometer falta em Viveros, que estava prestes a ficar cara a cara com o gol. Com um jogador a menos, o São Paulo, que havia vencido a partida de ida por 1 a 0, foi obrigado a se retrair e acabou cedendo o empate. Nos pênaltis, Jandrei, que substituiu Rafael, não conseguiu defender nenhuma cobrança, enquanto os companheiros falharam em suas tentativas, resultando em uma derrota por 3 a 0 e na eliminação da competição.
Apesar dessas dificuldades, é claro que Rafael não é o problema do São Paulo; bem pelo contrário, é considerado o goleiro mais bem-sucedido a passar pelo clube desde a aposentadoria de Rogério Ceni. Suas atuações ao longo da temporada reforçam sua importância na estrutura da equipe.