Rafael completou sua terceira temporada como goleiro titular do São Paulo em um ano marcado por grandes desafios e frustrações para o clube. O time lidou com um desempenho irregular, eliminação em competições importantes, uma série de lesões e dificuldades financeiras significativas. Apesar desse cenário complicado, Rafael se destacou como um dos jogadores mais consistentes do elenco tricolor, mantendo-se firme frente às críticas ao longo de 2025.
No total, Rafael participou de 59 dos 66 jogos disputados pelo São Paulo, somando impressionantes 5.224 minutos em campo. Foi o atleta que mais atuou na temporada, superando outros jogadores como Luciano, que jogou 56 partidas. A carga de trabalho foi intensa, especialmente considerando as falhas frequentes na defesa, que deixaram a equipe vulnerável e propensa a sofrer gols. No entanto, suas atuações foram cruciais para evitar danos maiores ao time, resultando em uma média de 0,97 gols sofridos por jogo, totalizando 57 gols em sua meta.
Um dos momentos mais memoráveis da temporada aconteceu nas oitavas de final da Libertadores, durante o jogo de volta contra o Atlético Nacional. Rafael fez uma defesa notável no segundo tempo, impedindo um gol que poderia ter mudado o rumo da partida. Embora o time tenha sofrido o empate posteriormente, ele brilhou novamente ao defender a primeira cobrança de pênalti, ajudando o São Paulo a vencer por 4 a 3 e avançar para a próxima fase, sendo aplaudido como um herói pelos torcedores.
No entanto, a temporada também teve seus episódios polêmicos. Um dos mais comentados ocorreu nas oitavas de final da Copa do Brasil, quando Rafael foi expulso logo nos primeiros minutos do duelo contra o Athletico-PR, ao cometer falta em Viveros, que estava prestes a ficar cara a cara com o goleiro. Com a desvantagem de um jogador, o time, que havia vencido a primeira partida por 1 a 0, teve que se retrair e acabou levando o empate. Nos pênaltis, seu substituto Jandrei não conseguiu defender nenhuma cobrança, e os jogadores da equipe desperdiçaram todas as suas tentativas, resultando na eliminação do São Paulo por 3 a 0.
Apesar das adversidades enfrentadas, é inegável que Rafael se consolidou como uma peça valiosa para o São Paulo. Ele se destaca como o goleiro mais bem-sucedido do clube desde a aposentadoria de Rogério Ceni, provando, mais uma vez, sua importância e habilidade em um time que enfrenta inúmeras dificuldades.