Em 2025, Rafael Tolói fez seu retorno ao São Paulo após uma longa passagem de dez anos pelo futebol europeu. Ele chegou ao clube com a expectativa de ser uma peça fundamental na defesa tricolor, assinando um contrato que vai até dezembro de 2026. No entanto, o zagueiro de 35 anos não conseguiu atender às demandas esperadas dos torcedores e da comissão técnica.
A recuperação de Tolói foi complicada, especialmente devido à sua inatividade prolongada após deixar a Atalanta, onde ficou mais de quatro meses sem jogar. Desde sua chegada em agosto, ele participou de apenas sete partidas, atuando como titular em quatro delas. Assim como muitos do elenco, Tolói enfrentou uma série de lesões que prejudicaram seu desempenho.
Em sua terceira partida pelo clube, contra o Ceará, Tolói sentiu dores na parte posterior da coxa esquerda e teve que ser substituído ainda no primeiro tempo. Os exames revelaram uma lesão muscular que o afastou dos gramados por quase dois meses. Ele voltou a atuar no clássico contra o Corinthians, mas foi novamente prejudicado por um problema muscular, desta vez no quadril. Felizmente, essa nova lesão foi mais leve e ele ficou fora apenas de uma partida.
Apesar dos desafios, Tolói participou das três últimas partidas da temporada. Ele entrou como substituto contra o Fluminense e jogou os 90 minutos nos confrontos com Internacional e Vitória. À medida que o São Paulo enfrenta uma séria crise financeira e planeja contratações apenas pontuais para 2026, Tolói busca consolidar sua posição como titular da zaga. Contudo, a competição pela vaga promete ser acirrada, com outros defensores como Arboleda, Ferraresi, Sabino e Alan Franco disputando espaço.