Contratado em 2023, Rafael logo se consolidou na meta do São Paulo, sendo fundamental na conquista inédita da Copa do Brasil e da Supercopa Rei. Na eliminação para o Botafogo, contudo, o goleiro foi alvo de críticas. Além de uma possível falha no gol do Glorioso, foi apontado que o arqueiro não foi capaz de defender nenhum pênalti, no jogo de volta das quartas de finais da Libertadores. No Tricolor, inclusive, ele ganhou apenas duas de seis disputas por penalidades. Com Rafael, o São Paulo sucumbiu nos pênaltis para Água Santa, LDU, Novorizontino e Botafogo. Sport e Palmeiras, portanto, foram as vítimas do Tricolor no período. Na disputa, o goleiro defendeu as cobranças de Gabriel Inocêncio, Luciano Juba, Murilo, Piquerez e Lucca. As eliminações para o Glorioso e para o time do Equador foram as únicas em que ele não interceptou nenhuma cobrança. Em busca de juntar os cacos, o São Paulo enfrenta o Corinthians, pela 28ª rodada do Brasileirão, às 16h (de Brasília) desse domingo. Com 44 pontos, o Tricolor está na quinta posição.