A temporada de 2025 foi repleta de desafios para o São Paulo, e Luiz Gustavo se destacou como um dos principais personagens neste cenário conturbado. Após enfrentar graves problemas de saúde, incluindo um tromboembolismo pulmonar que o afastou dos campos por vários meses, ele se reabilitou e voltou a ser uma peça valiosa no meio-campo, que padecia de falta de criatividade.
Em sua volta, Luiz Gustavo participou de 13 jogos e conseguiu balançar as redes em uma oportunidade, no confronto contra o Vasco. A torcida são-paulina avaliou seu desempenho de maneira positiva, conforme uma enquete realizada pela Gazeta Esportiva. Aproximadamente 27,2% dos torcedores consideraram sua temporada como 'boa', enquanto 18,1% a classificaram como 'regular'. Outros 22,7% acreditaram que a atuação do atleta foi 'ótima', mas as opiniões negativas também foram expressas: 22,7% dos fãs apontaram a temporada como 'ruim' e 9% a consideraram 'péssima'.
Um dos momentos mais controversos da sua trajetória no clube ocorreu após a humilhante derrota de 6 a 0 para o Fluminense, no Maracanã, pelo Campeonato Brasileiro. Após o apito final, Luiz Gustavo fez críticas contundentes à gestão do São Paulo, destacando a necessidade de uma liderança clara e de um planejamento eficaz: “Nada é por acaso... A culpa é nossa. Nós, jogadores, que fizemos a merda que fizemos hoje, desculpe pela palavra... este clube merece começar a ter uma direção, um plano claro”, afirmou em entrevista ao SporTV.
Com contrato até 31 de dezembro de 2025, Luiz Gustavo não terá seu vínculo renovado e deverá seguir sua carreira em outra equipe, sem contemplar a aposentadoria neste momento. Assim, o jogador se despede do São Paulo, onde viveu uma época repleta de altos e baixos, deixando um legado marcado por sua honestidade e pela realidade enfrentada pelo clube.
Em um momento de palavra de incentivo, o clube também compartilhou a tabela do Tricolor na primeira fase do Paulistão 2026, reafirmando o compromisso de renovação e de busca por melhores resultados nas próximas temporadas.