Ao todo, Ney Franco enfrentou o São Paulo cinco vezes. E em todas elas saiu de campo como derrotado. O primeiro embate, inclusive, aconteceu pouco tempo depois do treinador deixar o comando do Tricolor. Demitido em julho de 2013, o técnico reencontrou o clube do Morumbi em outubro e, pelo Vitória, perdeu por 3 a 2 pela 26ª rodada do Campeonato Brasileiro.
No ano seguinte, clube e técnico se reencontraram e o resultado também terminou a favor do São Paulo. Em partida válida pela 5ª rodada do Brasileirão, o Tricolor viajou ao Rio de Janeiro para medir forças com o Flamengo, comandado na época por Ney Franco, e triunfou por 2 a 0. Os gols foram marcados por Paulo Henrique Ganso, hoje jogador do Fluminense.
Depois de deixar o comando do Flamengo, Ney Franco trabalhou no Vitória ainda em 2014 e voltou a medir forças com o time do Morumbi. Pela 33ª rodada, no entanto, quem venceu foi o São Paulo por 2 a 1. No ano seguinte, pelo Coritiba, no Estádio Cícero Pompeu de Toledo, o Tricolor voltou a triunfar sobre o técnico, dessa vez por 3 a 1, no dia 12 de julho.
O último confronto entre São Paulo e seu ex-técnico aconteceu em duelo válido pelo segundo turno de 2015. Ainda sob o comando do Coritiba, Ney Franco recebeu o Tricolor no Couto Pereira e perdeu por 2 a 1. Coincidentemente, o gol da vitória foi marcado por Alexandre Pato, que voltou ao clube paulista nesta temporada e estará em campo nesta segunda-feira
Apesar das vezes em que foi rival, Ney Franco também teve boas histórias junto com o São Paulo. Técnico do Tricolor por exatamente um ano, entre julho de 2012 e julho de 2013, Ney dirigiu o clube em 79 partidas, conquistou 41 vitórias, 16 empates e 22 derrotas, com um aproveitamento de 58,6%, e foi o responsável pelo último título da história do clube do Morumbi: a Copa Sul-Americana de 2012.
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