Em 2008, Hernanes fez um dos gols mais bonitos do Campeonato Brasileiro, contra o Cruzeiro. O meia pedalou duas vezes, passou pelos marcadores e acertou um lindo chute de fora da área na gaveta.

Ainda em 2008, o São Paulo venceu o Botafogo por 2 a 1 pelo Brasileirão e contou com Hernanes para garantiu o triunfo, que seria fundamental para a conquista do título. O meia marcou um belo tento ao se livrar do marcador e finalizar rasteiro.

Na Vila Belmiro, Hernanes marcou um golaço de falta contra o Santos, pelo Brasileirão de 2009. O camisa 10 mandou a bola no ângulo e ajudou o Tricolor a vencer por 4 a 3.

No primeiro jogo de sua volta do São Paulo, em 2017, Hernanes marcou em uma partida alucinante. O Profeta fez o terceiro do Tricolor, que bateu o Botafogo por 4 a 3, de virada, no Rio de Janeiro.

Ainda em 2017, Hernanes brilhou na vitória de 3 a 2 do São Paulo sobre o Cruzeiro, no Morumbi. O Profeta marcou um golaço de falta, fez outro de pênalti e ainda deu uma assistência para Arboleda fazer o dele.