Na mesma etapa do estadual, o time empatou com o Verdão em Presidente Prudente por 3 a 3 e Luis Fabiano se recuperava de um estiramento na coxa direita. Contra o Corinthians, na derrota por 1 a 0, no Pacaembu, ele ainda se recuperava da mesma lesão. Na semifinal do Paulistão, contra o Santos, ele cumpria suspensão pelo terceiro cartão amarelo. Contra o mesmo rival, já pelo primeiro turno do Campeonato Brasileiro, ele também estava impossibilitado de atuar pelo excesso de advertências.

Questionado sobre o assunto, o atacante ressaltou que sabe a importância que tem para o time, mas afirmou que o clássico não pode ser supervalorizado.
- Espero daqui para frente jogar todos (os clássicos). Fiquei machucado ano passado e esse ano tiveram as suspensões, mas é um jogo normal, são os mesmos três pontos, mas espero poder ajudar fazendo gols - disse.
Contando as três passagens do atacante pelo Morumbi, Luis Fabiano disputou 17 clássicos e marcou 11 gols. Destes, apenas um foi contra o Palmeiras, pelo Campeonato Brasileiro de 2002 - num empate por 1 a 1, no dia 2 de outubro, no Pacaembu.
Tirando a parte disciplinar, que ainda precisa de ajustes, Luis Fabiano vive um bom momento em 2012.
Apesar da falta de títulos da equipe, ele disputou 21 partidas e marcou 17 gols, uma ótima média. Foi o goleador da Copa do Brasil, com oito tentos, e é o vice-artilheiro do Brasileirão, com quatro gols, um atrás de Alecsandro (Vasco) e Araújo (Náutico).