Na estreia de Fernandão, o São Paulo não deu chances para o Cruzeiro, mesmo atuando na casa do rival. Pela primeira partida das quartas-de-final da Libertadores, o Tricolor Paulista venceu por 2 a 0, com gols de Dagoberto e Hernanes. Fernandão participou da jogada dos dois gols são-paulinos.

No jogo da volta, novo show são-paulino. Precisando vencer por três gols de diferença, o Cruzeiro perdeu Kléber, expulso, logo no começo do jogo. Em uma nova dobradinha de Hernanes e Dagoberto, o Tricolor repetiu o placar do Mineirão e avançou de fase na Libertadores.