Depois de empatar o primeiro jogo das oitavas de final da Libertadores por 1 a 1, o técnico Hernán Crespo optou por uma escolha inesperada para o duelo de volta contra o Racing, na Argentina. Dez dias depois de ter estreado pelo profissional do São Paulo, Marquinhos era escalado como titular para o jogo decisivo.

A escolha se mostrou acertada. O jovem atacante de 18 anos participou dos três gols da vitória por 3 a 1 que colocou o São Paulo nas quartas de final da Libertadores, onde enfrentaria o Palmeiras. Diante do grande rival, no entanto, restou a Marquinhos acompanhar a eliminação são-paulina das tribunas. Ele se recupera há mais de um mês de um estiramento muscular na coxa esquerda.
A lesão aconteceu justamente contra o Palmeiras, mas na partida válida pelo Brasileirão. Marquinhos estava dando trabalho para Felipe Melo até precisar deixar o duelo aos 16 minutos do segundo tempo. Ele foi ausência em oito jogos desde então.
Nas últimas semanas, ele evoluiu no processo de recuperação, mas ainda não tem prazo para voltar a trabalhar com o elenco. Atualmente, ele faz atividades individuais com a fisioterapia do São Paulo. Marquinhos é mais um integrante de uma estatística preocupante do São Paulo. O time já contabilizou mais de 30 problemas físicos na temporada. O caso do garoto fugia à tese de que muito se passava por uma sobrecarga na campanha do título paulista, ou da virada acelerada entre o Brasileirão e o estadual —afinal, ele não estava com o elenco profissional nessas ocasiões.

A situação gerou críticas do técnico Hernán Crespo, que afirmou que o clube precisava melhorar suas estruturas, e fez com que a diretoria começasse a trabalhar em um plano de reformulação do CT da Barra Funda e do Reffis, seu núcleo de reabilitação esportiva fisioterápica e fisiológica. O São Paulo só volta a campo no dia 12 de setembro, quando enfrenta o Fluminense, pelo Brasileirão — o jogo contra o América-MG, que estava marcado para 4 de setembro, no Morumbi foi adiado pela CBF. Até lá, a expectativa do clube é diminuir o número de jogadores no departamento médico. Além de Marquinhos, a lista ainda conta com os laterais Orejuela (dores na coxa) e Welington (dores na coxa), o volante William (artroscopia no joelho) e o zagueiro Arboleda (lesão na coxa).