Depois que a equipe paulista foi tricampeã continental naquele ano, todas as eliminações seguintes na competição foram para times brasileiros. E todas no mata-mata.
Em 2006, o São Paulo foi vice-campeão ao perder a final para o Internacional. No ano seguinte, caiu para o Grêmio ainda nas oitavas de final. Na sequência, em 2008, o carrasco da vez foi o Fluminense, nas quartas.
Na temporada 2009, a eliminação veio novamente nas quartas, desta vez para o Cruzeiro. Já em 2010, o time tricolor deu o troco e bateu os mineiros também nas quartas, mas acabou eliminado na semifinal para o Inter.
Após ficar perto do título naquele ano, o São Paulo só voltou a disputar a Libertadores em 2013 e protagonizou outra eliminação para um time brasileiro. O Atlético-MG levou a melhor contra a equipe tricolor nas oitavas.
Na temporada de 2014, a equipe também não participou do torneio, mas, em 2015, acabou eliminado outra vez nas oitavas, agora para o Cruzeiro.
Já em 2016, terá um adversário mexicano no começo do mata-mata. E o retrospecto contra equipe do país da América do Norte é apertado. Foram 10 jogos, com cinco vitórias, quatro derrotas e um empate.
Destes confrontos, dois foram eliminatórias. Nas quartas de final de 2005, o clube tricolor bateu o Tigres. Já nas semis de 2006, a vítima foi o Chivas.
O São Paulo teria enfrentado novamente o Chivas nas oitavas de 2009, porém, por conta da onda de "gripe suína" no país, a equipe brasileira avançou direto às quartas.
Se passar pelo Toluca, o time tricolor corre o risco de enfrentar mais uma vez um rival brasileiro nas quartas de final. Isso porque a equipe pega o vencedor do duelo entre Atlético-MG e Racing-ARG.
