Com a eliminação de São Bernardo, Suzano/São Paulo e São Caetano, as 16 equipes restantes foram divididas em quatro quadrangulares (A, B, C e D). Após jogos de ida e volta, os dois melhores classificados de cada grupo avançam às quartas de final.

Líder na primeira fase, Krona terá em seu grupo Minas, Cascavel e Florianópolis. Nos outros quadrangulares, os cabeças-de-chave são Corinthians, Jaraguá e Orlândia, que completaram o top 4 da classificação da primeira parte do nacional.
Confira o chaveamento da segunda fase da Liga Futsal:
Grupo A
Krona (SC)
Minas (MG)
Cascavel (PR)
Florianópolis (SC)
Grupo B
Corinthians (SP)
Carlos Barbosa (RS)
Atlântico (RS)
Maringá (PR)
Grupo C
Jaraguá (SC)
Assoeva (RS)
Concórdia (SC)
São José (SP)
Grupo D
Orlândia (SP)
Umuarama (PR)
Copagril (PR)
Guarapuava (PR)