O começo de 2012 não foi nada bom para Wellington. No dia 21 de fevereiro, o volante sofreu um entorse e rompeu o ligamento cruzado do joelho esquerdo, durante um treinamento realizado no CT da Barra Funda.
- Toda operação é complicada e o processo de recuperação, além de dolorido, é chato e cansativo. Ninguém gosta de ficar de fora fazendo tratamento, sem poder ir para o campo jogar. Mas, infelizmente, aconteceu, me machuquei e, graças a Deus e a todos que me apoiaram, consegui voltar rapidamente e, acima de tudo, muito bem - disse Wellington, em entrevista ao site oficial do São Paulo.
A volta do volante aos gramados aconteceu na goleada por 4 a 0 sobre o Botafogo, no dia 30 de agosto, no Morumbi. Coincidentemente ou não, o desempenho da equipe melhorou muito no segundo semestre e o ano terminou da melhor forma possível: o São Paulo conquistou o título da Sul-Americana.
- Foi um ano em que passei do choro da lesão para o choro do título. Isso é gratificante. Espero que em 2013 eu possa ter um ano ainda mais feliz, mais completo e que eu possa ser campeão outras vezes - desejou Wellington.
- Não acho que o meu retorno fez o time crescer. Com certeza, tenho minha parcela de contribuição, mas toda a equipe evoluiu. Passamos a jogar de forma mais compacta e ter mais atenção na marcação, mas isso graças ao empenho de todos jogadores e ao trabalho do Ney Franco - analisou o volante.