De personalidade forte Rogério Ceni colecionou algumas rugas em sua carreira.
Em 2001, o goleiro foi afastado pela diretoria do clube, confusão motivada por uma suposta negociação com o Arsenal, da Inglaterra.
Cinco anos depois, este assunto voltou a causar polêmica, quando Ceni discutiu por telefone com a jornalista Milly Lacombe no Sportv.