Um dia depois da eliminação no Campeonato Paulista, o São Paulo teve outra má notícia, desta vez no Tribunal de Justiça Desportiva de São Paulo (TJD/SP) com as suspensões do meia Marlos e do zagueiro Andre Luis. A punição de um jogo para o primeiro jogador já foi cumprida através da suspensão automática, mas a de um jogo para o segundo será cumprida apenas na próxima edição da competição estadual. Além dos dois jogadores, o clube foi julgado o preparador físico Carlinhos Neves também foi julgado, mas não foi punido pelos auditores. O São Paulo ainda foi multado em R$1.500 por atraso.
Os motivos que levaram Marlos e Andre Luis ao banco dos réus foram distintos e em jogos diferentes. O meia respondeu pela expulsão no clássico contra o Santos, pela primeira partida da semifinal, enquanto o zagueiro foi denunciado através de prova de vídeo por lance contra o Bragantino, ainda na fase de classificação.
Em relação ao zagueiro Andre Luis, o defensor Roberto Armelin chegou a comparar o lance com a cabeçada de Zidane na Copa do Mundo. “Não houve cabeçada. Cabeçada foi o que Zidane fez na Copa do Mundo. Houve apenas um esbarrão. Não houve infração no tipo da denúncia". O advogado encerrou pedindo a absolvição do atleta ou pena mínima de um jogo de suspensão.
Marlos foi denunciado por jogada violenta – artigo 254 do Código Brasileiro de Justiça Desportiva (CBJD) – ao receber o segundo cartão amarelo no duelo contra o Santos, seis minutos depois de ter sido advertido pela primeira vez, ao cometer falta na intermediária em Robinho. André Luis foi enquadrado por ato desleal – artigo 250 do CBJD – por ser flagrado pelas câmeras de televisão dando uma cabeçada em um jogador do Bragantino, na partida do dia 24 de março.
O preparador físico Carlinhos Neves respondeu por atitude contrária a ética desportiva, desrespeitando membros da equipe de arbitragem – artigo 258, § 2º, inciso II, do CBJD – pela expulsão no intervalo contra o Santos por dirigir-se ao árbitro, dizendo: “Quero ver se vai ter o mesmo rigor com a equipe adversária no segundo tempo†.
Por atraso, o São Paulo respondeu ao artigo 206 do CBJD combinado com o artigo 30 § 2° do Regulamento Geral das Competições pelo atraso de três minutos na primeira partida da semifinal.