Marlos fez sua estreia pelo São Paulo na vitória sobre o Cruzeiro por 3 a 0, no dia 31 de maio de 2009, pelo Campeonato Brasileiro. Foi o destaque do triunfo, seguiu ganhando oportunidades, mas nunca se firmou de vez na equipe titular do Tricolor Paulista.
Mas isso parece ter ficado no passado. Depois de ser surpresa e ter uma boa atuação diante do Botafogo-SP, no último domingo, o camisa 16 voltou a jogar bem nesta quarta-feira diante do Santo André e parece estar conquistando o seu espaço entre os 11 iniciais.
"Ele tem muita velocidade. É um meia de origem e está com um jogo mais decisivo, agudo. É diferente daquele Marlos que segurava mais a bola. Ele está amadurecido", elogiou o técnico Ricardo Gomes.
Na vitória sobre o time do ABC Paulista por 3 a 1, Marlos não marcou, mas foi muito eficiente. Teve duas oportunidades boas no primeiro tempo, mas não marcou. Além disso, deu três bons passes para Dagoberto, Washington e Hernanes. Porém, o trio não reverteu em gol.