A estreia de Marlos com a camisa do São Paulo aconteceu no dia 31 de maio de 2009, na vitória por 3 a 0 sobre o Cruzeiro, no Morumbi, pelo Brasileiro, e não poderia ter sido melhor: o meia foi um dos destaques do Tricolor. Mas depois de apresentar um bom cartão de visitas, Marlos não teve mais as chances que gostaria, e aos poucos foi ficando em segundo plano. O time foi eliminado da Libertadores, Muricy Ramalho foi demitido, e Ricardo Gomes chegou.
O jovem, que saiu do Coritiba com status de promessa, passou a frequentar o banco de reservas e entrar esporadicamente nos jogos. Mas não desanimou. Trabalhou muito para ter uma "segunda chance" de mostrar o talento. Ela veio no último domingo, na vitória por 5 a 0 sobre o Botafogo-SP, pelo Paulistão. O meia fez um gol, deu passe para outro e recebeu elogios de Gomes. Na coletiva de imprensa, revelou que a última vez que havia entrado naquela sala tinha sido justamente após a estreia. Humilde, ele se diz mais maduro, mas ainda pronto para crescer com a ajuda do comandante.
- Eu cheguei com o objetivo de ser titular e tentei trabalhar para isso. Vim de um time de menor expressão e tinha dificuldade de entender melhor o jogo e saber me posicionar bem, além da deficiência na marcação e no preenchimento de
espaços, o que o Ricardo está tentando corrigir. Se ele conseguir, posso me tornar um bom jogador - ressaltou o meia.
Agora, para provar que a atuação contra o Botafogo não foi um momento isolado, Marlos deseja ter uma sequência de jogos. O jogador foi escalado na vaga de Cleber Santana porque, com a suspensão de Washington, Gomes queria três homens encarregados do ataque tricolor e além de Marlos, escalou Fernandinho e Dagoberto.
- No começo do ano tive algumas chances, mas não uma sequência, e estou procurando isso. Posso melhorar muito ainda se tiver essa sequência e começar os jogos no time. Quem sabe assim não consigo ser titular - desejou o camisa 16.