Em 2009, o São Paulo disputou o Campeonato Paulista, a Copa Libertadores da América e o Campeonato Brasileiro. O time não participava de tão poucas competições em uma mesma temporada desde 1991, quando atuou apenas em dois torneios: o nacional e o estadual, além de jogos amistosos.
Com o número reduzido de campeonatos, o Tricolor fez apenas 67 jogos neste ano, sendo 38 pelo Brasileiro, 21 pelo Paulista e oito pela Libertadores. Ao contrário das últimas temporadas, o time não disputou a Copa Sul-Americana porque o campeão brasileiro perdeu o direito de disputar as duas competições mais importantes do continente no mesmo ano.
No Campeonato Paulista, o primeiro do ano, o time disputou 21 partidas, com 12 vitórias, quatro empates e cinco derrotas, aproveitamento de 63% dos pontos. Após se classificar como segundo melhor colocado, o time foi eliminado nas semifinais pelo Corinthians.
Na Copa Libertadores da América, o Tricolor atuou em oito jogos, com quatro vitórias, um empate e três derrotas, aproveitamento de 54% dos pontos. Em busca do tetra, o time acabou eliminado nas quartas-de-final pelo Cruzeiro.
No Brasileirão, o time fez 38 jogos, com 18 vitórias, 11 empates e nove derrotas, aproveitamento de 57%. Hexacampeão nacional, o time terminou a competição na terceira colocação, garantindo assim uma vaga na Copa Libertadores da América de 2010.