O São Paulo não conseguiu vencer o quarto Brasileirão seguido, mas terminou mais uma vez a competição com a melhor defesa. Desde que o campeonato passou a ser disputado no sistema por pontos corridos, em 2003, o Tricolor foi o time que sofreu menos gols em quatro edições: 2004, 2006, 2007 e 2009.
Nesta temporada, a defesa são-paulina, formada principalmente pelo trio de zaga com Renato Silva, André Dias e Miranda, sofreu 42 gols em 38 jogos, média de 1,1 gol sofrido por partida. O campeão Flamengo e o vice Internacional seguem logo atrás no quesito melhores defesas, com 44 gols tomados.
Coroando o bom desempenho dos zagueiros em 2009, André Dias e Miranda foram escolhidos para a seleção do campeonato no Prêmio Craque do Brasileirão, realizado pela CBF na última segunda-feira.
Em 2008, o São Paulo ficou a um gol de ter a melhor defesa. Com 36 sofridos, perdeu o posto para o Grêmio , com 35, mas garantiu o título nacional naquele ano, desbancando o próprio time gaúcho, que chegou a estar na liderança.