Em 2013, um ano após o título, o São Paulo chegou as semifinais, porém foi eliminado pela Ponte Preta, por 4 a 2 no agregado. Essa campanha ficou marcada pela atuação histórica de Rogério Ceni contra a Universidad Católica, no Chile.
Em 2014, novamente nas semifinais, o Tricolor foi eliminado. Dessa vez para o Atlético Nacional, nos pênaltis, após o confronto terminar 1 a 1 na soma dos placares.
Sob o comando de Rogério Ceni, o São Paulo retornou para a competição apenas em 2017, quando foi derrotado, na primeira fase, pela equipe do Defensa y Justicia, pelo gol fora no Morumbi.
Em 2018, o São Paulo foi eliminado na segunda fase, nos pênaltis para o Colón.
A última participação da equipe do Morumbi na competição, foi em 2020, quando foi eliminado para o Lanús, no Morumbi, também pelo critério do gol fora.
Esse ano, a Sul-Americana conta com a fase de grupos e só os primeiros colocados classificam para a fase mata-mata.
São Paulo, Sul-Americana, Retrospecto
