O Tricolor chegou à segunda partida da final com o título longe de estar garantido. No primeiro confronto, disputado no estádio do Beira-Rio, as equipes empataram por 1 a 1, em um jogo tenso e equilibrado. O Furacão abriu o placar com Aloísio Chulapa, que viria a atuar pelo time do Morumbi ainda em 2005, porém os visitantes deixaram tudo igual com um gol contra marcado pelo zagueiro Durval.
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A grande decisão começou dominada pelo São Paulo, que logo abriu o placar aos 16 minutos. Danilo recebeu passe de calcanhar de Luizão, invadiu a área e bateu para defesa de Diego. No rebote, Amoroso apenas empurrou para as redes e marcou. No entanto, o Athletico teve grande chance de deixar tudo igual e complicar a vida do São Paulo. Os paranaenses tiveram um pênalti a favor, porém Fabrício mandou na trave.
Aos sete do segundo tempo, Cicinho bateu escanteio e, mesmo longe da meta, Fabão testou com força e marcou o segundo dos mandantes. Na sequência, Amoroso balançou em cima da marcação, levou vantagem e cruzou na medida para Luizão empurrar para as redes e ampliar. Ainda deu tempo de Diego Tardelli invadir a área, fintar um adversário e finalizar no canto, sacramentando a goleada.
Apesar de não ter deixado sua marca na final, Rogério Ceni foi o grande nome da conquista de 2005. O goleiro foi eleito o melhor jogador daquela edição da Libertadores, além de ter sido reconhecido como o melhor em campo no confronto decisivo contra o Athletico.
A temporada de 2005 foi especial para o São Paulo. Além da Libertadores, o Tricolor conquistou o Campeonato Paulista no início do ano e, em dezembro, garantiu o tricampeonato Mundial ao vencer o Liverpool por 1 a 0.
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