O Tricolor pagou R$ 6 milhões ao Bahia em janeiro de 2018 para ter Jean - o valor poderia chegar a R$ 10 milhões se ele atingisse um determinado número de partidas, algo que não aconteceu - e sempre o tratou como grande promessa para o futuro, mas o viu chamar mais atenção pelas polêmicas do que pelo desempenho em campo: foram apenas 19 jogos oficiais, sendo apenas um em 2019 (contra o São Bento em fevereiro, quando André Jardine escalou reservas).
Ele teve apenas duas sequências como titular, ambas em 2018. A primeira, em março, foi causada por uma lesão de Sidão e durou seis jogos. A segunda, no fim da temporada, veio devido às más atuações do concorrente e durou nove jogos, mas foi marcada por uma expulsão desnecessária por causa de provocações à torcida do Vitória no Barradão.
A passagem do atleta de 24 anos pelo São Paulo quase foi abreviada em março deste ano, quando ele foi afastado do elenco após uma discussão com o então técnico interino Vagner Mancini. Em uma reunião com todo o grupo, Mancini condenou o fato de Jean e outros jogadores terem ido para o banho logo após a derrota para o Palmeiras, pela primeira fase do Paulistão, sem esperar o início da tradicional reza de vestiário. O goleiro não gostou da cobrança, abandonou o gramado e avisou à diretoria que gostaria de treinar na academia. Ele foi avisado de que aquilo se tratava de um ato de indisciplina sujeito a punição, mas manteve a decisão de não trabalhar com o grupo.
Multado e separado do grupo, Jean manifestou-se por meio de uma nota em seu Instagram no dia da partida contra o São Caetano, citando que o interino o tratava de maneira diferente devido à rivalidade entre Bahia e Vitória, clubes que os dois defenderam anteriormente. Essa atitude irritou ainda mais a diretoria, já que o time dependia daquela partida para ir às quartas de final do Paulistão, o que acabou acontecendo. Na época, Mancini afirmou que a nota foi feita "para tumultuar".
Na época, a paciência do São Paulo com Jean estava perto do limite. O clube conseguira abafar uma crise criada por ele um mês antes, às vésperas da partida contra o Red Bull, já com Mancini como técnico. O camisa 1 acreditava que ganharia a vaga de titular porque Tiago Volpi falhara na derrota por 2 a 1 para o Corinthians e, ao descobrir que isso não aconteceria, pediu para não ser relacionado. A diretoria entendeu que a postura de Jean foi desrespeitosa com o companheiro e estava decidida a multá-lo se a decisão de não ir para a partida fosse mantida, mas ele acabou recuando.
Os atos de indisciplina do goleiro se acumulavam. Ele teve uma discussão com Sidão no início do ano passado, levou o cartão vermelho contra o Vitória e, ao voltar, recebeu novo cartão amarelo tolo contra a Chapecoense. A avaliação era de que, apesar de talentoso, Jean tinha comportamentos que o impediriam de ser titular no São Paulo se não fossem modificados.
Mas a situação vinha mudando nos últimos meses. Depois de duas semanas afastado pela confusão com Vagner Mancini, ele se desculpou e foi reintegrado por Cuca. A partir daí, passou a ter o comportamento elogiado: mesmo sem nenhuma chance de jogar, ele estava treinando bem e tinha bom relacionamento com o titular, Tiago Volpi. O episódio nos Estados Unidos, no entanto, acabou de vez com qualquer confiança.
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