Em 2017 após o Vitória bater o Corinthians por 1 a 0 pelo Campeonato Brasileiro, Mancini discutiu com um repórter em sua entrevista coletiva. O técnico se irritou ao ouvir que sua equipe só havia tido uma finalização na partida, rebateu a estatística com números diferentes e insinuou que o jornalista era corintiano. Posteriormente, em um áudio vazado, Mancini falou sobre a situação.
"Ganhar do Corinthians é ótimo, somar três pontos, nem se fala. Mas dar uma patada em um jornalista babaca, corintiano, então, nem se fala", disse.
Posteriormente, Mancini emitiu nota oficial pedindo desculpas pelo áudio, dizendo que ligou para o jornalista para se reconciliar e afirmando que não teve a intenção de ofender o Corinthians, mas sim de brincar com um grupo de amigos, alguns torcedores do time alvinegro, após a vitória. Ouça o áudio:
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Vitória 2018:
Em Julho do ano passado após goleada diante do Athletico-PR por 4 x 0, o técnico Vagner Mancini foi mandado embora do comando técnico do Vitória e naquela mesma última passagem o técnico entrou em uma polêmica onde foi acusado de mandar o lateral Bruno Bispo forçar o cartão vermelho durante o Ba-Vi do primeiro turno do Campeonato Baiano, para que a partida fosse encerrada. Nesta polêmica, ele acabou punido pelo STJD e viu sua equipe ser eliminada do Campeonato Baiano, Copa do Brasil e Copa do Nordeste.
São Paulo 2019:
Ainda neste ano quando Mancini era treinador interino do São Paulo, ele entrou em uma polêmica com Jean onde teve uma discussão e afastou o goleiro são Paulino, que por sua vez soltou uma nota oficial dizendo que o goleiro era um dos culpados para na época uma derrota diante do Palmeiras. Confira:
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“Diante das coisas que li, vi e que chegaram até mim via imprensa nos últimos dias, gostaria de esclarecer e dizer a verdade sobre alguns pontos referente ao ocorrido na última segunda-feira. Antes de mais nada, reconheço o meu erro ao ter deixado o campo de treinamento após o ocorrido e me desculpar publicamente com a instituição São Paulo Futebol Clube, meus companheiros de time e, principalmente, os torcedores são-paulinos. Respeito muito este clube e ajo de forma profissional desde o dia em que cheguei aqui.
Na segunda-feira, em conversa com todo o grupo de jogadores, o técnico interino Vágner Mancini, se dirigiu a todo o grupo e apontou que eu, mesmo sem ter atuado, era um dos grandes responsáveis pela derrota do São Paulo no clássico contra o Palmeiras, no último fim de semana. Em nenhum momento fui cobrado em quesitos técnicos e táticos, já que nem em campo eu estava. Segundo ele, o motivo era que eu, ao término do jogo, fui tomar banho. Quando o jogo terminou, eu e cerca de sete ou oito jogadores fomos para os chuveiros (alguns inclusive que haviam participado do jogo), fato absolutamente rotineiro. Neste meio tempo, alguns atletas chamaram a reza final no vestiário. Saí do chuveiro prontamente e fui para o “fechamento”, como chamamos. Cheguei, inclusive, antes de outros jogadores para participar da roda e da última conversa. Mas, na segunda, no CT, fui cobrado de forma individual por ter ido tomar banho ao chegar no vestiário, o que não fez nenhum sentido para mim.
É bom explicar que desde a sua chegada ao São Paulo, Mancini não me trata da mesma forma que todo o restante do grupo de jogadores, motivado por uma rivalidade nos clubes em que trabalhamos anteriormente. Quando ele foi colocado na posição de técnico, mesmo tendo prometido que não assumiria esta posição, eu já sabia que eu começaria a ser renegado e dificilmente poderia entrar em campo, fazer meu papel e ajudar o São Paulo da melhor forma possível. Ainda assim continuei trabalhando e dando meu melhor nos treinos, como é minha obrigação.
Infelizmente, quando fui cobrado e apontado como culpado por uma derrota mesmo sem ter entrado em campo, não consegui me conter e aceitar ser execrado desta forma. Não considerei justo e me retirei. Como eu disse anteriormente, sei que cometi um erro e me desculpo por isso. Novamente, respeito a instituição, os torcedores e meus companheiros de equipe. Entendo completamente, também, a briga por posição na equipe titular da equipe. Respeito muito o goleiro Tiago Volpi, hoje sendo escalado. Além de um grande goleiro e profissional, Volpi hoje é um amigo no dia-a-dia de clube. Logo, o que aconteceu em nada teve a ver com o fato de eu estar reivindicando uma vaga na equipe, como também li nos últimos dias.
Para finalizar, estou e estarei sempre à disposição do São Paulo Futebol Clube para cumprir o meu dever. Sou feliz neste clube e sempre pretendi brilhar aqui, fazer uma história cumprindo meu contrato, só entendi que era necessário esclarecer uma injustiça que sofri. Desejo sorte aos meus companheiros na partida de hoje em busca da classificação no Campeonato Paulista. E sempre que puder estarei no Morumbi torcendo por eles e pelo São Paulo”
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