Dono de grande habilidade, condução de bola e bom chute tanto com a perna direita como com a esquerda, jogou no São Paulo, tendo sido revelado no Unibol Pernambuco Futebol, time do município de Paulista, no estado de Pernambuco. Do São Paulo, foi emprestado ao Santo André em 2006 e voltou ao São Paulo no ano seguinte. Começou a ganhar espaço no time com as saídas de Mineiro e Josué e tornou-se titular no Campeonato Brasileiro de 2007, depois de ter até excursionado pela Índia com o time "B". O São Paulo levou o título e Hernanes ganhou o prêmio Bola de Prata na posição de volante.
Em 2008, após conquistar novamente o Campeonato Brasileiro, foi eleito o melhor volante pela direita e o prêmio de melhor jogador da competição.
Em janeiro de 2009, Hernanes foi considerado o jogador mais promissor do mundo pelo jornal inglês The Times.
Em 28 de abril de 2010, completou 200 jogos com a camisa do Tricolor paulista contra o Universitario, pelas oitavas-de-final da Copa Libertadores de 2010.
Hebei China Fortune
Em 9 de fevereiro de 2017, a Juventus anunciou a venda de Hernanes para o Hebei China Fortune por 8 milhões de euros, podendo chegar a 10 milhões em caso de algumas cláusulas do contrato serem cumpridas.
No seu terceiro jogo oficial marcou seu primeiro gol pelo clube, sendo da vitória e de pênalti aos 25 minutos do primeiro tempo contra o Guizhou Zhicheng.
Empréstimo ao São Paulo
No dia 19 de julho de 2017, o São Paulo Futebol Clube divulgou em seu Twitter o retorno do "Profeta" ao tricolor paulista. O Tricolor acertou um contrato por empréstimo de um ano, pagando parte do salário do atleta.
Fez sua reestréia em 29 de julho, marcando um dos gols na virada heróica do São Paulo sobre o Botafogo por 4–3, no Engenhão. No dia 13 de agosto, marcou dois gols na vitória por 3–2 sobre o Cruzeiro, além de ter dado uma assistência para o gol de Arboleda.Na rodada seguinte, voltou a marcar contra o Avaí, no empate em 1–1, em Florianópolis. Em 9 de setembro, marcou o primeiro gol do São Paulo no empate em 2 x 2 contra a Ponte Preta, chegando a incrível marca de 7 jogos e 7 gols em seu retorno.
Em 5 de janeiro de 2018, devido a uma cláusula no contrato, o Hebei China Fortune pediu o retorno de Hernanes, que confirmou sua despedida em entrevista coletiva.
Retorno ao São Paulo
Em 29 de dezembro de 2018, voltou em definitivo ao São Paulo, que pagou 3 milhões de euros (R$ 13,2 milhões) ao clube chinês, assinando contrato por três temporadas.
Confira os melhores lances do Profeta em 2018:
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