A equipe são-paulina foi brilhante em toda a Copa São Paulo. Apesar de não conseguir chegar à final do torneio, fez uma campanha praticamente irretocável, com 28 gols marcados e apenas cinco sofridos.
Na primeira fase da competição, não deu pra ninguém. O Tricolor se classificou como primeiro no geral, com três vitórias e 16 gols marcados, sendo que nenhum adversário vazou o goleiro Leonardo. Ceará, Juventus (AC) e Rio Claro foram as vítimas dos garotos.
Já na segunda fase a partida foi contra o Juventus (SP), e a equipe de Marcos Vizolli venceu com autoridade, por 5 a 0. Na sequência o Barueri seria o rival nas oitavas-de-final. O time conseguiu o feito de tirar a invencibilidade do Tricolor, mas isso não bastou para vencer, já que sofreu quatro tentos dos são-paulinos e deixou a Copinha.
Já nas quartas-de-final o São Paulo enfrentou o Internacional em uma das partidas mais emocionantes do torneio. Após sair atrás no placar, a equipe virou o jogo, mas sofreu o empate nos últimos minutos. Nos penais, Leonardo brilhou, parando a primeira cobrança alternada dos gaúchos e dando a vaga às semifinais aos garotos de Cotia.
No jogo contra o Atlético Paranaense veio o revés. Apesar da grande partida feita pelos jogadores do São Paulo, o time do Sul conseguiu segurar o resultado e tirou o Tricolor da competição.
Os artilheiros da equipe na Copinha foram Henrique (8), Julio Cesar (4), Bruno Uvini (3), Oscar (3), Wellington (3), Alfredo (2), Bruno Formigoni (1), Marcelinho (1), Ronieli (1), Lucas Gaúcho (1) e Jackson (1).
Outro destaque da campanha de 2009 ficou por conta da defesa, que sofreu apenas cinco tentos em todas as sete partidas que disputou.