Com contrato válido até o final de 2018, Cícero voltou ao São Paulo a pedidos de Rogério Ceni, responsável por montar a equipe que iniciou a temporada e aos poucos acabou desmantelada. Pelo fato de já ter realizado dez partidas com a camisa do clube paulista, o volante não poderá jogar o Campeonato Brasileiro pelo time gaúcho – o limite é de sete jogos.
Essa foi a segunda passagem de Cícero no São Paulo. Na primeira, quando permaneceu no clube por duas temporadas, acabou conquistando o título da Copa Sul-Americana de 2012, a última taça erguida pelo São Paulo.
Afastado coincidentemente com a chegada de Dorival Jr, Cícero chegou a disputar uma única partida sob o comando do novo técnico. Foi no empate com o Grêmio, em 1 a 1. Depois dessa partida, o volante nunca mais voltou a entrar em campo com a camisa tricolor e negou ter qualquer tipo de problema com seus antigos companheiros.