O clube francês já havia demonstrado interesse pelo volante no início de junho e feito uma oferta de 7,5 milhões de euros. No entanto, na época, o Tricolor recusou a proposta e fechou apenas a venda de Luiz Araújo, por 10,5 milhões de euros - sendo que o São Paulo teve direito a ficar com 8 milhões.
A contratação do volante havia sido um pedido do treinador Marcelo Bielsa. Apesar do desejo do São Paulo de manter o meio campista no elenco, o jogador demonstrou o desejo de se transferir para a Europa e conversou com a diretoria para ser negociado.
Thiago Mendes chegou no São Paulo em 2015 e fez a sua estreia o Vasco da Gama. Titular absoluto da equipe de Rogério Ceni nesta temporada, ele disputou 26 partidas e marcou cinco gols pelo São Paulo.