Habituado a decidir títulos nos últimos anos, o São Paulo voltou a ter em 2009 motivos para comemorar. Apesar dos tropeços no Estadual paulista, na Taça Libertadores e na Copa Sul-Americana, o ano são-paulino acabou salvo por uma vitória na última partida oficial da temporada. Foi quando o time do Morumbi se sagrou campeão brasileiro pela sexta vez em sua história, a terceira consecutiva.
Criticado durante boa parte da temporada por deixar de lado seu tradicional padrão de jogo, o São Paulo se viu fora do Estadual e da Libertadores em pouco mais de um mês.
O algoz do Paulista foi o rival Palmeiras, que bateu o time de Muricy na semifinal --terminaria campeão após a final contra a Ponte Preta. Em maio, pelo torneio continental, o Fluminense bateu os são-paulinos nas quartas-de-final com uma vitória épica, aos 46min do segundo tempo --gol de Washington no Maracanã, que desclassificou os paulistas.
No Brasileiro, o time de Muricy Ramalho curtiu a ressaca dos tropeços nas competições do primeiro semestre. O elenco demorou a engrenar e chegou a estar distante onze pontos do líder Grêmio, que terminou na segunda colocação.
A principal contratação do São Paulo no ano foi o atacante Adriano, da Inter de Milão. Com dificuldades no clube italiano, o jogador foi emprestado para se recuperar no Reffis, centro de reabilitação do clube.
Adriano permaneceu no clube paulista até o fim da disputa da Libertadores, antes dos seis meses previstos em contrato.