O jogador já estava no radar do Palmeiras, tanto que no Brasileiro os rivais chegaram a negociar uma troca com Rafael Marques. Interessado em Michel, o Verdão esperou o acerto da rescisão com o time do Morumbi para adiantar as conversas. O atleta já definiu sua saída do Tricolor - o contrato era válido até o fim de 2017, mas ao abrir mão da dívida que o São Paulo tinha com ele o fim do vínculo foi facilitado.
No clube do Morumbi desde 2014, o jogador teve um ótimo início, mas acabou 2015 em baixa, teve rusgas com a torcida e viveu na Libertadores deste ano seus últimos momentos de brilho. Depois, voltou a cair de rendimento e viu a relação azedar de vez quando a torcida organizada invadiu o CT e o agrediu. Foram 121 jogos e 22 gols no período.