O jogador ficou muito conhecido por ter sido o "garçom" do São Paulo multicampeão com Muricy Ramalho no comando. Na equipe do Morumbi, ele foi importante nas cobranças de falta e escanteio no bicampeonato brasileiro de 2007 e 2008 - em 2006, ele não estava no elenco.
Naquele ano, Jorge Wagner esteve presente no título da Copa Libertadores da América do Internacional.
"Fomos bem claros em relação à situação do clube: mostramos as dificuldades e logicamente as perspectivas muito boas principalmente pelo que fizemos este ano dentro de campo. O Jorge Wagner ficou satisfeito com o que viu e ouviu", confirmou o diretor de futebol do Flu de Feira, Zé Chico, em entrevista ao site oficial do clube.
Além de São Paulo e Inter, o meio-campista teve certo destaque no Cruzeiro, entre 2001 e 2002, no Corinthians, em 2003, e no Kashiwa Reysol, do Japão, com quem disputou o Mundial de Clubes da Fifa de 2011.
Jorge Wagner também teve passagens por Botafogo, Real Bétis, da Espanha, Lokomotiv Moscou, da Rússia, além do Bahia, onde iniciou a carreira, em 1998.