Bruno terminou a temporada com boa atuação diante do Santa Cruz, na goleada por 5 a 0, pela última rodada do Campeonato Brasileiro. Mas, assim como quase todo o São Paulo, guardou seus melhores momentos de 2016 no primeiro semestre. O mais especial aconteceu em 13 de abril, na vitória por 2 a 1 sobre o River Plate (ARG) na fase de grupos da Copa Libertadores da América.
No duelo com os argentinos, o lateral-direito acertou cruzamento para Jonathan Calleri aproveitar corta-luz de Paulo Henrique Ganso e fazer golaço de voleio, abrindo o placar no Morumbi. Foi a terceira das sete assistências que Bruno somaria para ser o líder do quesito no elenco em 2016, ao lado de Kelvin, Michel Bastos e Ganso.

"Todas foram importantes, porque me cobro bastante. Mas na Libertadores foi marcante. Consegui fazer o cruzamento para o Calleri, que fez o nosso primeiro gol contra o River Plate-ARG (2 x 1), no Morumbi. O estádio estava cheio (51.342 torcedores), e aquela vitória nos recolocou na disputa pela vaga pelas oitavas de final", destacou o camisa 2.
O São Paulo chegou até a semifinal da Libertadores, que foi paralisada pela Copa América Centenário e retornou apenas em julho, quando o rendimento do Tricolor começou a despencar. Eliminação para o Atlético Nacional (COL), saídas de Ganso, Alan Kardec, Calleri e Edgardo Bauza, chegada de Ricardo Gomes, luta contra o rebaixamento e apenas uma assistência de Bruno.
"Levaremos algumas lições para 2017. Individualmente, faço uma boa avaliação de 2016, consegui ajudar com as assistências e isso me deu mais motivação. No segundo semestre, caímos um pouco de rendimento e não conseguimos repetir as boas atuações. Acredito que tudo que vivemos em 2016 nos deixará mais forte em 2017. Será uma temporada diferente", disse.