Contratado pelo São Paulo em 2003, estreou em 11 de maio, no empate contra o Atlético Mineiro por 1 a 1, pelo Campeonato Brasileiro.
Seu início no tricolor foi conturbado, chegou com o rótulo de "zagueiro do presidente", já que o saudoso presidente, Marcelo Portugal Gouvêa, além de bancar sua contratação, também, insistia no seu aproveitamento em campo.

No entanto, El Diós, não contava com a aprovação do então treinador Oswaldo de Oliveira. Nos seus primeiros meses, chegou a ficar de fora de vários jogos, não sendo relacionado sequer para o banco de reservas.

Com a saída de Oswaldo de Oliveira, ainda em 2003, iniciava sua histórica sequência de títulos.

Seu estilo raçudo, de muita garra, conquistou não só a titularidade, mas também o carinho da torcida e o respeito dos adversários.

Lugano foi titular da equipe que conquistou o Campeonato Paulista, a Libertadores e o Mundial de Clubes em 2005.

Apesar de não ser reconhecido por sua técnica, foi eleito o melhor zagueiro do Campeonato Brasileiro de 2005.

Uma de suas características mais marcantes; é que raramente troca de camisa com o adversário ao final do jogo, alegando não se sentir confortável com tal ato, em respeito ao torcedor, para o qual a camisa de seu time é sagrada.

Em sua passagem pelo amado clube brasileiro, entre 2003 e 2006, disputou 176 partidas e anotou 11 gols.

A história construída pelo xerife uruguaio no tricolor, fez com que se tornasse mais que um jogador que passou pelo clube, transformou El Diós num fanático e apaixonado torcedor.

Em agosto de 2006, após a partida final da Copa Libertadores da América, encerrou sua passagem pelo São Paulo Futebol Clube e seguiu para o Fenerbahçe da Turquia, onde também é idolatrado. E deixando enorme saudade na nação tricolor!
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