Ney Franco é o responsável pelo último título do São Paulo: a Copa Sul-Americana de 2012. Ganhou o torneio em cinco meses de trabalho, mas começou a se perder durante a própria competição, quando bateu de frente com Rogério Ceni.
O que abreviou também a passagem dele pelo Morumbi foi não saber usar Jadson e Paulo Henrique Ganso juntos. Depois de perder Lucas no fim de 2012, negociado com o Paris Saint-Germain, o treinador tinha dois meias prontos em 2013, mas Ganso não se encaixou com o antigo camisa 10.
Foram diversos testes e o Tricolor passou longe do ideal, tanto que se classificou às oitavas de final da Libertadores na última rodada contra o Atlético-MG e posteriormente foi goleado sem piedade pelo mesmo adversário. Na mesma competição, entrou em conflito com Lúcio. Saiu com poucos amigos do Morumbi.