Logo em sua estreia, Paulo Autuori percebeu que o trabalho não seria fácil à frente do São Paulo: derrota por 3 a 2 para o Vitória, no Barradão.

Diante de um sistema defensivo ineficiente, Paulo Autuori afastou o zagueiro Lúcio por indisciplina, desfazendo-se do atleta antes de clássico contra o Corinthians.

O cenário era perfeito para uma reabilitação: uma final internacional contra o rival Corinthians. O desfecho, no entanto, se tornou um pesadelo, já que o título da Recopa Sul-americana foi para o Parque São Jorge.

Na rápida segunda passagem pelo São Paulo, Autuori conquistou um título. Foi a amistosa Copa Eusébio, com vitória sobre o Benfica, em jogo único disputado em Portugal.

Campeão mundial em 2005, Paulo Autuori voltou ao Japão com o São Paulo, mas em situação bem diferente. Em crise, amargou o vice-campeonato da Copa Suruga ao perder para o Kashima Antlers.

Sem conseguir mostrar bons resultados no comando do São Paulo, Autuori inovou. A seu pedido, os treinos no CT da Barra Funda passaram a ser filmados para que ele pudesse analisar melhor o elenco.

Em seu melhor momento em dois meses, Paulo Autuori conseguiu cinco jogos de invencibilidade, com três empates e duas vitórias - na primeira, contra o Fluminense, havia sal grosso na escadaria do Morumbi.

Tempos depois de a diretoria ter findado as improvisações de Ney Franco, Paulo Autuori escalou o volante Rodrigo Caio como zagueiro. Paulo Miranda também atuou na lateral.

Rogério Ceni já havia perdido um pênalti contra o Bayern de Munique. Ao desperdiçar outro, contra a Portuguesa, Autuori o tirou do posto. Mas Ceni voltou mais tarde, diante do Criciúma, e errou a cobrança novamente.

A derrota derradeira foi para o Couto Pereira, com dois gols de um velho carrasco são-paulino: o meia Alex. No dia seguinte, Paulo Autuori foi informado de sua demissão.