Após conselho técnico realizado na sede da Federação Paulista de Futebol, com presença dos representantes dos 20 clubes que disputarão o Paulistão 2013, foi decidido que o campeonato terá o mesmo modelo de disputa do ano anterior. Com início em 19 de janeiro e término em 19 de maio, serão ao todo quatro fases.
Na primeira, que vai até o dia 21 de abril, serão 19 rodadas, nas quais os clubes se enfrentarão em turno único. Ao final desta etapa, classificam-se para as quartas de final os oito primeiros colocados.
As quartas de final terão quatro grupos com dois clubes cada. As equipes de cada grupo se enfrentarão em turno único, no dia 28 de abril, saindo daí os classificados para a próxima fase.
O mesmo modelo será utilizado na fase semifinal. Porém, nesta serão dois grupos com dois clubes cada, jogando também em partida única, no dia 05 de maio.
A grande final acontecerá em turno e returno. Os dois classificados da fase semifinal jogarão nos dias 12 e 19 de maio para decidir, após 23 rodadas, qual clube será campeão.
Troféu do Interior
Os clubes classificados do quinto ao oitavo lugar, exceto as equipes localizadas na capital e o Santos Futebol Clube, jogam em duas fases para definir o campeão do interior – caso haja algum clube nesta condição ele será substituído, obedecendo a sequência de classificação até que todas as vagas definidas sejam preenchidas.