Após ser eliminado pelo Avaí na noite da última quinta-feira, dia 12 de maio, o Tricolor foi julgado nesta sexta-feira, dia 13 de maio, pela Quarta Comissão Disciplinar do Superior Tribunal de Justiça Desportiva do Futebol (STJD). O clube foi multado em R$2 mil por atraso na partida válida pelas oitavas de final da Copa do Brasil.
A denúncia foi gerada pela partida contra o Goiás, ainda pelas oitavas de finais da Copa do Brasil. O São Paulo Futebol Clube, segundo o árbitro da partida, o carioca Marcelo de Lima Henrique, da Federação do Rio de Janeiro, relatou na súmula a demorou de dois minutos para voltar ao campo depois do intervalo. Cada minuto de atraso pode render multa de até R$ 1 mil aos clubes.
A equipe foi indiciada no artigo 206 do Código Brasileiro de Justiça Desportiva (CBJD), por "dar causa ao atraso do início da realização de partida [...] ou deixar de apresentar a sua equipe em campo até a hora marcada para o início ou reinício da partida", combinado com o artigo 30, § 2°, do Regulamento Geral das Competições, onde cita que os clubes devem entrar com no mínimo oito minutos de antecedência do horário marcado para o início do jogo, e retornar a campo no máximo dois minutos antes do horário de reinício.