Fernando Cavenaghi começou a sua carreira no River Plate e estreou entre os profissionais na temporada 2000-01, durante o período em que esteve no River de 2001 à 2004, o jogador atuou em 88 jogos marcando 55 gols, foi Campeão Argentino 3 vezes e artilheiro do Clausura de 2002. Neste período esteve presente também nas seleções de base da Argentina, onde foi campeão e artilheiro do Sul-americano Sub-20 em 2003 e artilheiro do Mundial Sub-20 também em 2003.
Após 4 anos no River o jogador foi defender o Spartak de Moscou, entre os anos de 2004 e 2007, porém na Rússia não obteve sucesso, marcando apenas 13 gols em 51 jogos. Após 3 anos na liga Russa o jogador decidiu mudar de equipe e foi contratado pelo Bordeaux, na equipe francesa conseguiu conquistar vários títulos e uma média de gols considerável, foram 33 em 81 jogos.
Além disso, em 2008 foi convocado pela primeira vez para a Seleção Argentina, participando de 4 amistosos. Em 2010 após perder espaço na equipe do Bordeaux foi emprestado ao Mallorca.
No dia 25 de janeiro de 2011, o Internacional anunciou de forma oficial a contratação do jogador, que se juntará à D''Alessandro e Guiñazu no elenco colorado e ao recém contratado Mario Bolatti.